Pada tahun 1969, pemerintahan Sudan beralih ke tangan Jeneral Jaafar Numeiri dengan cara rampasan kuasa. Al-Turabi menjadi penasihat Numeri mengenai hal Ehwal Agama Islam dan sebagai Hakim Besar. Sudan diisytiharkan sebagai Negara Islam dan menerapkan hukum Islam di semua negara.Namun, langkah tersebut telah menjadikan Numeiri curiga al-Turabi lalu mengantikan peranan Hakim Besar kepada orang lain yang lebih mudah dikawal. Pada Mac 1985, rejim Numeiri memusuhi Ikhwanul Muslimin dan memenjarakan al-Turabi. Rampasan kuasa berlaku pada tahun 1985 untuk mengulingkan Numeiri dan membentuk Barisan Nasional Islam.al-Turabi dan Barisan Nasional Islam berperanan penting dalam rampasan Kuasa oleh tentera ahli Majlis Penyokong Revolusi untuk Penyelamatan Nasional. Al-Turabi menghadiri persidangan OIC di Khartoum.Pada tahun 2000 beliau dikenakan tahanan di rumahnya.